| 1935-1938 Ketua : Pdt. J.E. Staap Wkl Ket. : Pdt. W.H. Tutuarima Sek. : Pdt. P. Souhuwat Bend. : Pdt. Jack van Vesson |
1949 Ketua : Pdt. C. Kainama Wkl Ket. : Pdt. ? Sek. : Pdt. P. Souhuwat Bend. : Pdt. M.F. Syauta |
| 1938-1940 Ketua : Pdt. C. Hamel Wkl Ket. : Pdt. W.H. Tutuarima Sek. : Pdt. P. Souhuwat Bend. : Pdt. H.J. Visser |
1949-1950 (Persoalan RMS dan Sikap Sinode GPM) Ketua : Pdt. S. Marantika Wkl Ket. : Pdt. ? Sek. : Pdt. D. Louhenapessy Bend. : Pdt. M.F. Syauta |
| 1940-1942 Ketua : Pdt. W. van Oust Wkl Ket. : Pdt. P. Poot Sek. : Pdt. P. Souhuwat Bend. : Pdt. H.J. Visser |
1953-1957 Ketua : Pdt. Chr. Mataheru Wkl Ket. : Pdt. F.H. de Fretes Sek. : Pdt. D. Louhenapessy Bend. : Pdt. M.F. Syauta |
| 1942-1943 (Zaman Pendudukan Jepang) Ketua : Pdt. F. Siwabessy (Pj) Sek. : Pdt. P. Souhuwat Zaman Pendudukan Jepang |
1957-1961 (dikeluarkan Pesan Tobat – 1960) Ketua : Pdt. F.H. de Fretes Wkl Ket. : Pdt. J.F.K. Wattimena Pdt.W.D.F. Amanupunyo (Pengganti) Sek. : Pdt. D. Louhenapessy Bend. : Pdt. M.F. Syauta |
| 1943-1946 Ketua : Pdt. S. Marantika Wkl Ket. : Pdt. J. Sapulete Sek. : Pdt. P. Souhuwat Bend. : Pdt. W.D.F. Amanupunyo |
1965-1970 (Reorganisasi Struktur dan Kepemimpinan GPM (I)) Ketua : Pdt. Th. Pattiasina Wkl Ket. : Pnt. Chr. Soplanit, SH Sekum. : Pdt. P. Tanamal Wkl.Sekum. : Sdr. N.A. Likumahwa, BA Sek.Dep. Koinonia : Pdt. D. Louhenapessy Sek.Dep.Marturia : Pdt. F.C. Lewier, S.Th Sek.Dep.Diakonia : Syms. Drs. H.J. Pooroe Sek.Dep.Finek. : Bpk. P.H. Pelamonia Rektor Inst.Teol. : Pdt. A.N. Radjawane, S.Th (Ex Officio) |
| 1946 (Transisi di Zaman Kemerdekaan RI) Ketua : Pdt. J. Kalk Wkl Ket. : Pdt. S. Marantika Sek. : Pdt. P. Souhuwat Bend. : Pdt. W.D. Dickkarhoff |
1970-1974 Ketua : Pdt. Th. Pattiasina Wkl Ket. : Syms. Drs. H.J. Pooroe Pdt. A.N. Radjawane, M.Th (Pengganti) Sekum. : Pdt. P. Tanamal Wkl.Sekum. : Drs.N.A. Likumahwa Sek.Dep. Koinonia : Pdt. D. Louhenapessy Sek.Dep.Marturia : Pdt. E.P. Kaihena, S.Th Sek.Dep.Diakonia : Bpk. W. Louhenapessy Sek.Dep.Finek. : Bpk. P.H. Pelamonia Drs. F.S. Pattinasarany (1972-1974) Visitator : Pdt. M.J. Wattimena, S.Th |
| 1946-1947 Ketua : Pdt. P. Poot Wkl Ket. : Pdt. ? Sek. : Pdt. P. Souhuwat Bend. : Pdt. W.D. Dickkarhoff |
1974-1976 Ketua : Pdt. Th. P. Pattiasina Wkl Ket. : Pdt. M.J. Wattimena, S.Th Sekum. : Pdt. P. Tanamal, S.Th Wkl.Sekum. : Drs.N.A. Likumahwa Sek.Dep. Koinonia : Pdt. A. Pattianakotta, Sm.Th Sek.Dep.Marturia : Pdt. E.P. Kaihena, S.Th Sek.Dep.Diakonia : Pdt. J. Ospara, S.Th Sek.Dep.Finek. : Pdt. A.J. Soplantila, S.Th Visitator : Pdt. F.C.Lewier, M.Th |
| 1947-1948 Ketua : Pdt. J.C.W. van Wyck Juranse Wkl Ket. : Pdt. ? Sek. : Pdt. P. Souhuwat Bend. : Pdt. J.H. van Heerden |
1976-1978 Ketua : Pdt. M.J. Wattimena, S.Th Wkl Ket. : Pdt. F.C. Lewier, M.Th Sekum. : Pdt. A.J. Soplantila, S.Th Sek.Dep. Koinonia : Pdt. A. Pattianakotta, Sm.Th Sek.Dep.Marturia : Pdt. E.P. Kaihena, S.Th Sek.Dep.Diakonia : Pdt. J. Ospara, S.Th Sek.Dep.Finek. : Bpk. L. A. Tahalele Visitator : Pdt. D. Louhenapessy |
| 1948-1949 Ketua : Pdt. Dr. J.J. Geiser Wkl Ket. : Pdt. ? Sek. : Pdt. P. Souhuwat Bend. : Pdt. J.H. van Vesson |
1978-1983 (Reorganisasi Struktur dan Kepemimpinan GPM (II)) Ketua : Pdt. A.N. Radjawane, M.Th Wkl Ket. : Pdt. F.C. Lewier, M.Th Sekum. : Pdt. A.J. Soplantila, S.Th Wkl. Sekum : Pdt. D. Louhenapessy Visitator : Pdt. E.P. Kaihena, S.Th Pdt. M. Alfons Drs. A. Rahalus |
| 983-1985 Ketua : Pdt. A.N. Radjawane, M.Th Wkl Ket. : Drs. A. Rahalus Sekum. : Pdt. I.W.J. Hendriks, M.Th Wkl. Sekum : Pdt. J. Ospara, S.Th Visitator : Pdt. D. Lohenapessy Pdt. W. Davidz, M.Th Pdt. L. Lohy, S.Th |
Staf BPH Sinode GPM: Sek. Dep.Kekes : Pdt. E.P. Kaihena, S.Th (merangkap) Sek.Dep.Pelpem : Pdt. J. Ospara, S.Th Sek.Dep.Finek : Bpk. L. A. Tahalele Dir. LPJ GPM : Pdt. F.C. Lewier, M.Th (merangkap) |
| Staf BPH Sinode GPM: Sek.Dep.Kekes : Pdt.E.P. Kaihena, S.Th Pdt. W. Davidz, M.Th (Pjs) Pdt. Ny. A. Maail (Pjs) Sek.Dep.Pelpem : Pdt. Drs. A. Rehawarin Sek.Dep.Finek : Pdt. D.E. Warella Dir.LPJ-GPM : Pdt. D.S. Izaak, S.Th |
1986-1990 Ketua : Pdt. A.J. Soplantila, S.Th Wkl Ket. : Pdt. I.W.J. Hendriks, M.Th Sekum. : Pdt. J. Ospara, S.Th Wkl. Sekum : Pdt. J. Pattipawae, S.Th Pdt. L. Lohy, S.Th (Pjs) Visitator : Pdt. M.J. Wattimena, S.Th Pdt. W. Davidz, M.Th Pdt. L. Lohy, S.ThStaf BPH Sinode GPM: Sek.Dep.Kekes : Pdt. A.D. Maelissa, S.Th Sek.Dep.Pelpem : Pdt. Ny.A. Maail Sek.Dep.Finek : Pdt. D.E. Warells Dir.LPJ-GPM : Pdt. D.S. Izaak, S.Th |
| 1990-1995 (Reorganisasi Struktur dan Kepemimpinan GPM (III)) Ketua : Pdt. A.J. Soplantila, S.Th Wkl Ket. : Pdt. Ny. A. Maail, S.Th Sekum. : Pdt. S.P. Titaley, S.Th Wkl. Sekum : Pdt. S.J. Mailoa, S.Th Anggota : Pdt. M.J. Wattimena, M.Th Pdt. J. de Queljoe, S.Th Pnt. Drs. G. SabonoStaf BPH Sinode GPM: Sek.Dep.Kekes : Pdt. A.D. Maelissa, S.Th Sek.Dep.Pelpem : Pdt. Ny. A. Maail Sek.Dep.Finek : Pdt. D.E. Warella Dir LPJ-GPM : Pdt. S.J. Mailoa, S.Th |
1995-2000 Ketua : Pdt. S.P. Titaley, S.Th Wkl Ket. : Pdt. L. Lohy, S.Th Sekum. : Pdt. M.M. Siahaya, S.Th Wkl. Sekum : Pdt. J. de Queljoe, S.Th Anggota : Pdt. W. Davidz, M.Th Pdt. Ny.A. Maail Pnt. I.M. PesireronStaf BPH Sinode GPM: Sek.Dep.Kekes : Pdt. Ny. J. Komul-Pattiasina, S.Th Sek.PIKOM : Pdt. A.D. Maelissa, S.Th Sek.Dep.Pelpem : Pdt. Chr. Sahetapy, S.Th Pdt. W. Homy, Sm.Th (pengganti) Sek.Dep.Finek : Pdt. D.E. Warella Pdt. J. Tuhumena, S.Th (pengganti) Dir. LPJ-GPM : Pdt. W. Davidz, M.Th |
| 2000-2005 Ketua : Pdt. DR. I.W.J. Hendriks Wkl. Ket. I : Pdt. L. Lohy, S.Th Wkl. Ket II : Pdt. H.L. Leleury, Sm.Th Sekum. : Pdt. S.J. Mailoa, M.Th Wkl. Sekum : Pdt. W. Davidz,M.Th Anggota : Pdt. M.M. Siahaya, S.Th Pdt. Ny. J. Komul-Pattiasina, S.Th Pnt. Drs. J. LabetubunStaf BPH Sinode GPM: Sek.Dep. Kekes : Pdt. Ny. D.C. Manuputty, SIP Sek. PIKOM : Pdt. A.D. Maelissa, S.Th Sek.Dep.Finek : Pdt. J. Tuhumena, S.Th Dir.LPJ-GPM : Pdt. A. Rumthe, S.Th |
2005-2010 (terjadi Sentralisasi Keuangan GPM 70:30%, Hasil Keputusan BPL ke-31 Tahun 2008 di Tual) Ketua : Pdt. DR. John Ruhulessin, M.Si Wkl.Ket. I : Pdt. Dr. M.M. Hendriks-Ririmasse Wkl.Ket.II : Pdt. J. Manuhutu, S.Th Sekum. : Pdt. V. Untailawan, M.Th Wkl. Sekum : Pdt. Drs. A.J.S. Werinussa, M.Si Anggota : Pdt. A. Orno, S.Si Pnt. J. de Queljoe, S.Th Pnt. Ir. Ny. M. Soukotta, M.ScStaf BPH Sinode GPM: Sek.Dep.Kekes : Pdt. Ny. P. Ruhulessin, S.Th Pdt. N. Taberima, S.Th (penggantia0 Sek.Dep.Pelpem : Pdt. C. Leunufna, Sm.Th, SH Sek.Dep.Finek : Pdt. J. Teslatu, M.Si Sek.Dep.PIKO : Pdt. Drs. H. Lekahena Dir. LPJ-GPM : Pdt. Ny. D.C. Manuputty, SIP |